以色列首都在耶路撒冷。耶路撒冷，是以色列和巴勒斯坦共有的首都和政治、经济、文化和交通中心，是耶路撒冷区的首府、原巴勒斯坦最大城市。耶路撒冷位于近东黎凡特地区，是一座历史悠久的城市，在地理上位于犹大山地，介于地中海与死海之间，被誉为三大一神宗教的圣城。

耶路撒冷的地理坐标是北纬31度47分，东经35度13分 ；位于犹大山地南部的高原，包括橄榄山和瞭望山。耶路撒冷旧城的海拔高度约为760米。整个耶路撒冷周围被山谷与干涸的河床所包围，只有北面不是十分明显。在耶路撒冷有3道明显的山谷：汲沦谷、欣嫩子谷和泰罗普河谷，在耶路撒冷城南交叉。汲沦谷经过旧城以东，将橄榄山与城市隔开。欣嫩子谷在耶路撒冷的西面，在圣经末世论中是地狱的象征。泰罗普河谷位于西北方，靠近今天大马士革门的位置，向南-东南注入西罗亚池。今天，泰罗普河谷大部分已被过去数千年来山谷内堆积起来的碎片所掩藏。