咖啡豆的品种主要分为三大类：阿拉比卡种、罗布斯塔种、利比里亚种。其实咖啡属的植物约有40种，但能够生产出具有商品价值咖啡豆的仅有阿拉比卡种、罗布斯塔种、利比里亚种，所以这三种就称为咖啡三大原生种。
阿拉比卡种的原产地在埃塞俄比亚高原，16世纪经由阿拉伯地区传入欧洲，在所有的咖啡中，阿拉比卡种的咖啡占75%~80%，它绝佳的香气让其成为全世界人们都为之爱上的咖啡品种，世界著名的蓝山咖啡、摩卡咖啡等，几乎全是阿拉比卡种。高温多湿地带就是罗布斯塔种咖啡生长的地方，罗布斯塔种具有独特的香味与苦味，仅仅占混合咖啡的2%~3%，整杯咖啡就成了罗布斯塔味，所以它的风味就特别鲜明。
利比里亚种即大粒种，原产于非洲利比里亚，以及马来西亚等少数几个GJ，对于不论是高温或低温、潮湿或干燥等各种环境，皆有很强的适应能力，它的风味较阿拉比卡种来说，会差一些，故仅在西非部分GJ（利比亚、科特迪瓦等）国内交易买卖，或者栽种来供研究使用。